O ano de 2025 do Esporte Clube São Luiz teve situações embaraçosas. Numa expectativa muito grande, o Rubro até iniciou o Gauchão bem com vitória na estréia diante do Avenida por 2 a 1. Porém, na sequência a equipe não conseguiu manter o nível de atuações e também não obtinha resultados. No segundo confronto, novamente em seus domínios, empate em 1 a 1 contra o São José. Após saiu para enfrentar o Ypiranga, saiu na frente e quando estava 1 a 0, desperdiçou um pênalti e viu os donos da casa empatarem. Na quarta rodada, foi a Arena e levou uma goleada do Grêmio por 5 a 0. Na quinta rodada, voltava ao 19 de Outubro para encarar o Pelotas e novamente empate em 1 a 1. No jogo seguinte, mesmo jogando bem contra o Caxias, na Serra, a equipe foi superada por 1 a o. Jogo definiu a saída de Alessandro Telles do comando técnico da equipe. A direção apostou em Pedro Yarlei e logo na estreia, contra o Internacional, derrota em Ijuí por 3 a 1 e a perde de uma invencibilidade de 34 jogos jogando em casa. A missão para Bagé na última rodada era muito difícil, o São Luiz precisaria vencer o Guarany e torcer por resultados paralelos para não disputar o quadrangular do rebaixamento. E deu certo. Com gol de Adaílson, a equipe ijuiense venceu por 1 a 0, os resultados paralelos ajudaram e o Rubro avançou a Taça Farroupilha. Nesta etapa, o São Luiz voltou a enfrentar o Guarany. Jogo de ida em Ijuí derrota por 1 a 0 e na volta em Bagé, o clube da região Noroeste voltou a triunfar, fez 2 a 0 e avançou a decisão. Porém, duas derrotas para o Ypiranga(2 a 0 em Ijuí e 2 a 1 em Erechim), decretaram o vice-campeonato da Taça Farroupilha para o São Luiz que terminou o Gauchão na sexta colocação na classificação geral, duas posições acima do campeonato anterior.
Com o término do Estadual, o São Luiz focava na série D do campeonato brasileiro e a direção manteve Yarlei no cargo. Porém bastou apenas duas rodadas(duas derrotas) para que o treinador fosse demitido. Cristian de Souza chegou e conquistou duas vitórias na sequência. Porém a equipe não conseguiu manter e com duas rodadas de antecedência não tinha mais condições de classificar-se para a segunda etapa da competição nacional.
O clube garantiu vagas para o Campeonato Gaúcho, a Série D e a Copa do Brasil de 2026.
